インフルエンザ予防接種を会社負担にするとき｜経費の処理・補助の決め方・準備の流れ

インフルエンザの予防接種を会社負担で用意するとき、担当者が決めることは4つです。どこまで費用を出すか、経費としてどう処理するか、いつまでに打ち終えるか、そして接種を受けない人や副反応で休む人をどう扱うか。この順に整理します。

※本記事には広告・アフィリエイトリンクが含まれます。税務・労務の取り扱いは会社ごとに異なります。最終的な判断は顧問税理士・社会保険労務士・産業医にご確認ください。

会社はどこまで費用を負担すればいい？

支援の形は大きく3つあります。規模や拠点の数で向き不向きが変わるので、まず自社に合う形を1つ選びます。

支援の形	向いている会社	担当者の手間
費用補助（各自が近くの医療機関で受ける）	拠点が多い、勤務時間がばらばら	申請と精算の受付
提携医療機関を案内する	同じ地域に従業員が集まっている	医療機関との取り決め、予約の案内
社内の会場で接種してもらう	同じ事業所に数十人以上いる	会場・日程・受付の準備、医療機関との調整

費用補助にする場合は、対象者、1人あたりの上限額、申請期限、提出書類、家族を含めるかを先に決めます。社内会場で行う場合も、接種そのものは医療機関の仕事です。会社は場所と日程を用意し、問診・接種・接種後の観察は医療機関の指示に従います。

会社負担の費用は、経費としてどう処理する？

担当者から一番多く出る質問がここです。処理の仕方は「どう払うか」と「誰を対象にするか」で変わるので、制度を決める前に経理と顧問税理士へ確認してください。確認すべき点は次のとおりです。

払い方	領収書	経理と確認すること
会社が医療機関へまとめて支払う	会社名宛て	勘定科目、消費税の区分、請求書の受け取り方
従業員が立て替え、実費を精算する	個人名宛てになることが多い	立替精算として扱えるか、領収書の宛名の扱い
1人いくらと決めて補助金を支給する	本人の領収書を確認用に提出	給与として扱う必要がないか、消費税の扱い

• 対象者の範囲：全従業員を対象にするか、役員や一部の部署だけにするか。一部だけを対象にすると、扱いが変わる可能性があります
• 1人あたりの金額：接種費用の実費を超えない範囲か
• 家族の分：家族まで会社が負担するか。含める場合は従業員本人と扱いを分けるか
• 消費税とインボイス：立替精算や補助金の形にしたとき、仕入税額控除の扱いがどうなるか

社内の規程に「予防接種費用の補助」として対象者と上限額を書いておくと、毎年の判断がぶれません。

協会けんぽや市区町村の補助は使える？

全国健康保険協会（協会けんぽ）は、各支部の案内で「インフルエンザに対する助成事業はない」としています。一方、市区町村が独自に助成していることがあり、会社が加入しているのが健康保険組合なら、組合が補助していることもあります。

また、65歳以上の人と、60〜64歳で一定の基礎疾患がある人は、予防接種法にもとづく定期接種の対象です。住んでいる市区町村の制度で受けられます。会社の補助は、こうした制度で足りない部分を埋める形にすると、費用の重複を避けられます。

協会けんぽの健康づくりの取り組みでは、「予防接種費用の会社補助」や「予防接種にかかる時間を出勤扱いとする規定の整備」が取り組み例に挙がっている支部もあります。健康経営の取り組みを進めている会社は、あわせて確認してください。

いつまでに準備すればいい？

厚生労働省のQ&Aでは、インフルエンザは例年12月〜4月に流行し、1月末〜3月上旬にピークを迎えるため、12月中旬までに接種を終えることが望ましいとされています。ここから逆算します。

時期	担当者がすること
9月	支援の形、対象者、上限額、予算を決める。経理・税理士に処理を確認する
10月上旬	医療機関と日程を決める。社内に案内を出す（任意であること、申請方法、締切）
10月中旬〜11月	接種期間。班ごとに日をずらして予約する
12月中旬	接種を終える目安。精算を締める
翌年1〜2月	申請数、費用、欠勤の状況を振り返り、翌年の予算に反映する

社内会場で行う場合、医療機関の予定は早く埋まります。10月に入ってから連絡すると、希望の日程が取れないことがあります。

接種を義務にしてもいい？

義務にはせず、本人の判断に任せてください。予防接種を受けられない医学的な理由がある人や、妊娠中で主治医と相談している人もいます。

• 案内文に「接種は本人の意思による」と書く
• 上司が接種状況を聞いて回らない。部署ごとに接種率を競わせない
• 受けない人の名前を共有しない。評価や配置で不利益に扱わない
• 医療・介護など感染を広げたときの影響が大きい職場でも、まず説明と相談で進める

接種しない人がいても職場を守れるように、手洗い、換気、体調不良時に休める仕組みを並行して整えておくことが大切です。

接種の時間や、副反応で休む日はどう扱う？

接種に行く時間を勤務扱いにするか、有給休暇を使ってもらうかは、会社が決めて案内します。あいまいなままだと「行きたいが仕事を抜けられない」という人が出て、せっかくの補助が使われません。

• 接種の時間：勤務時間内に受けてよいか、その時間を出勤扱いにするか
• 接種後の体調不良：腫れや発熱などで休む場合、どの休暇を使えるか。特別休暇を設けるか
• 危険のある作業：運転、高所作業、機械操作がある人は、接種当日の配置を産業医や医療機関に相談する
• 連絡先：体調が悪くなったときに誰に連絡するか

万一、健康被害が出た場合の救済制度も知っておきます。定期接種の対象外で受けた任意の接種は、ワクチンを適正に使ったうえでの副反応であれば、医薬品医療機器総合機構（PMDA）の医薬品副作用被害救済制度の対象になると、厚生労働省のQ&Aに書かれています。

接種の記録は、会社がどこまで持っていい？

接種したかどうか、基礎疾患、問診の内容は健康情報です。会社が集める情報は、補助の精算に必要な範囲に絞ります。

• 問診票は医療機関が扱い、会社は受け取らない
• 精算に使う領収書を見る担当者を決め、上司には回さない
• 利用目的と保管期間を決めて、案内文に書く

社内で接種するとき、受付に置く非接触体温計

社内会場で接種するときは、受付で体温を測ってから問診に進んでもらうと流れがよくなります。接種してよいかを判断するのは医師です。受付の検温は体調を確かめる目安として使い、判断は医療機関の問診に任せてください。

体温計を選ぶときは、管理医療機器としての認証番号があるかを確認します。販売ページに番号が書かれていない「温度計」は、体温を測る用途には向きません。ここでは3機種とも番号を確認しました。

機種	置き方	表示	記録	電池	価格（楽天）
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A&D でこピッと UT-701	自立して置ける	普段は室温を表示	—	CR2032×1個	2,178円＋送料600円
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担当者チェックリスト

• □ 支援の形（費用補助・提携医療機関・社内会場）を決めた
• □ 対象者、上限額、家族の扱い、申請期限を決めた
• □ 払い方と経費の処理を経理・税理士に確認した
• □ 市区町村や健康保険組合の補助、定期接種の対象者を確認した
• □ 案内文に「接種は本人の意思による」と書いた
• □ 接種の時間と、副反応で休む日の扱いを決めた
• □ 会社が集める健康情報を必要最小限にした
• □ 12月中旬までに打ち終わる日程を組んだ
• □ 接種日を班ごとにずらした

よくある質問

協会けんぽでインフルエンザ予防接種の補助は受けられますか？

受けられません。協会けんぽの各支部は、インフルエンザに対する助成事業はないと案内しています。市区町村が独自に助成している場合があるので、住所地の市区町村の案内を確認してください。健康保険組合に加入している会社は、組合の補助があるか確認します。

会社負担にするとき、領収書の宛名は会社名でないといけませんか？

払い方によって変わります。会社が医療機関へまとめて払うなら会社名宛てが基本です。従業員が立て替えて精算する場合や、定額の補助金を出す場合は、個人名宛ての領収書をどう扱うかを経理と顧問税理士に確認してください。消費税やインボイスの扱いもあわせて決めておきます。

接種しない社員に不利益な扱いをしてもいいですか？

避けてください。季節性インフルエンザの予防接種は、定期接種の対象者を除き任意の接種です。受けられない医学的な理由がある人もいます。接種しない人がいても感染を広げないよう、手洗い、換気、体調不良時に休める仕組みをあわせて整えます。

接種後に熱が出て休んだら、欠勤扱いになりますか？

会社の決め方次第です。欠勤、有給休暇、特別休暇のどれを使うかを、接種の案内と一緒に示しておくと、本人も上司も迷いません。会社が接種を勧める以上、休みやすい扱いにしておくと利用が増えます。

いつまでに接種を終えればいいですか？

厚生労働省のQ&Aでは、12月中旬までに接種を終えることが望ましいとされています。社内会場で行うなら医療機関の日程が早く埋まるので、9月中に方針を決め、10月上旬には医療機関と日程を固めてください。

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主な公的情報

• 厚生労働省「インフルエンザワクチン（季節性）」
• 厚生労働省「令和6年度インフルエンザQ&A」
• 全国健康保険協会（協会けんぽ）各支部の健康づくりの案内
• 個人情報保護委員会「雇用管理分野における個人情報のうち健康情報を取り扱うに当たっての留意事項」

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